2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突...

事件が終わり公安9課は平穏な日常を取り戻していたが、違和感を抱いた草薙はコールドスリープカプセルのなかで目覚め、事件の真実を知る。

草薙たちは核ミサイル発射を阻止すべく、シマムラの行方を追う。プリンはミズカネの根城で、ステルス爆撃機が東京に向かっていることを知る。

目を覚ましたシマムラはシールズ特殊部隊を圧倒、ある宣言をしトグサとともに姿を消すのだった。帝都と荒巻はアメリカの軍事介入を危惧する。

アメリカに先んじてミズカネとシマムラを確保すべく、草薙たち公安9課は行動を開始。アメリカのシールズ特殊部隊との三つ巴の戦闘状態に突入する。

プリンの前に現れたポスト・ヒューマンのシマムラタカシは自衛軍をハックしバリケードを解放。バトーたちはスタンダードと合流し、アメリカの作戦を知る。

プリンは全身義体のアンドロイドとして再生し、ヒッチハイクで東京を目指す。一方、アメリカの特殊部隊がミズカネを追うが、ハッキングにより全滅してしまう。

アメリカの原子力潜水艦がポスト・ヒューマンに奪取される。バトーたち公安9課はトグサからのメッセージを手がかりに東京復興の象徴・ジオシティに向かう。

トグサは過去の過酷な記憶をさまようなかで、2045年の荒廃した東京へと向かう電車で目を覚ます。東京に到着したトグサが目にしたものとは。

プリンの帝都暗殺未遂により、公安9課は活動自粛に。タチコマたちはプリンの過去を調べていくなかで、ある一家惨殺事件との関係が浮かび上がる。

ククーシキンを尋問するなかで明かされるポスト・ヒューマン発生の真実。草薙とバトーはスパイ容疑で拘束されたジョン・スミスの移送に同行するが……。

草薙素子たち公安9課は、ポスト・ヒューマン発生の謎を知る電脳技師ククーシキンの行方を追うが、そこにポスト・ヒューマンのミズカネスズカが現れる。